L’Ecole doctorale : Ecole Doctorale de l’Institut Polytechnique de Paris

et le Laboratoire de recherche SAMOVAR – Services répartis, Architectures, Modélisation, Validation, Administration des Réseaux

présentent

l’AVIS DE SOUTENANCE de Monsieur Lyes BOUCHAMA

Autorisé à présenter ses travaux en vue de l’obtention du Doctorat de l’Institut Polytechnique de Paris, préparé à Télécom SudParis en :

Signal, Images, Automatique et robotique

« Apport des techniques d’apprentissage (profond) à la microscopie holographique pour applications médicales. »

le JEUDI 21 DÉCEMBRE 2023 à 14h00

à

Amphithéâtre 3
19 rue Marguerite Perey, 91120, Palaiseau

Membres du jury :

Mme Cécile  MALLET, Professeure des universités, Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines, FRANCE – Rapporteur
M. Maxime  JACQUOT, Professeur des universités, Université Bourgogne Franche-Comté, FRANCE – Rapporteur
M. François  DELHOMMEAU, Professeur des universités – praticien hospitalier, Sorbonne Université, Centre de Recherche Saint-Antoine, FRANCE – Examinateur
M. Thomas  OLIVIER, Maîtresse de conférences, Université Jean Monnet, Laboratoire Hubert Curien, UMR CNRS 5516, FRANCE – Examinateur

M. Yaneck GOTTESMAN, Professeur, Télécom SudParis, FRANCE – Directeur de these

Mme Bernadette  DORIZZI, Professeure émérite, Télécom SudParis (SAMOVAR), FRANCE – CoDirecteur de these

M. Jacques KLOSSA, Président de TRIBVN SAS, FRANCE – Invité

« Apport des techniques d’apprentissage (profond) à la microscopie holographique pour applications médicales. »

présenté par Monsieur Lyes BOUCHAMA

Résumé :

Mon travail s’inscrit dans le cadre du partenariat stratégique TSP et TRIBVN/T-life, dédié au développement de nouvelles approches en microscopie optique, couplées à l’intelligence artificielle, en vue d’identifier, de prédire et de monitorer les pathologies hématologiques et parasitologiques. C’est dans cette perspective que nous avons développé, dans le laboratoire, un prototype de microscope reposant sur un principe d’imagerie non conventionnelle à synthèse d’ouverture, basée sur l’approche FPM (Fourier Ptychographic Microscopy). Cette approche permet de dépasser les limites en résolution de l’optique conventionnelle ou de façon équivalente accéder à des champs de vue très larges (de 4 à 25 fois plus importants) à résolution fixée. Elle permet, en sus, de diversifier la nature des données acquises (avec l’enregistrement de la phase en complément des données d’intensité). Toutefois, en raison de certaines contraintes, notamment le temps d’acquisition et de reconstruction des images pour obtenir une qualité optimale, cette technologie rencontre encore des difficultés pour trouver ses applications et être commercialisée par les différents acteurs du domaine de la microscopie. Le travail réalisé dans cette thèse a permis des avancées significatives sur certains des aspects limitants de cette technologie grâce à la mise en œuvre de modèles à base de réseaux de neurones. Nous avons proposé une refocalisation automatique des images bimodales efficace sur de grands champs de vue, grâce à un post-traitement basé sur un U-Net. Nous avons aussi proposé une approche originale, alliant apprentissage statistique et optimisation guidée par la physique pour réduire les temps d’acquisition des images et les temps de reconstruction. Ces modèles ont démontré leur efficacité, par des diagnostics plus précis et discriminants, dans des applications de parasitologie et d’hématologie. Les contributions apportées ont un potentiel d’application qui dépasse le domaine de la FPM, ouvrant des perspectives dans divers autres champs de l’imagerie calculatoire.

Abstract :

This research is part of the TSP and TRIBVN/T-life strategic partnership, dedicated to the development of new approaches in optical microscopy, coupled with artificial intelligence, to identify, predict and monitor hematological and parasitological pathologies. In this regard, we developed a prototype microscope based on a computational imaging principle with a synthetic aperture, based on the FPM (Fourier Ptychographic Microscopy) approach. This approach makes it possible to overcome conventional optics’ resolution limits, or equivalently access very large fields of view (from 4 to 25 times larger) at fixed resolution. It also enables us to diversify the nature of the data acquired (with phase recording in addition to intensity data). However, despite its promise, the technology faces challenges in widespread adoption and commercialization within the microscopy field, primarily due to constraints such as the time-intensive process required for image acquisition and reconstruction to achieve optimal quality. The research conducted in this thesis has led to substantial advancements in overcoming certain limitations of this technology, leveraging models based on neural networks. We have proposed an efficient automatic refocusing of bimodal images over large fields of view, thanks to post-processing based on a U-Net. We have also proposed an original approach, combining statistical learning and physics-driven optimization to reduce image acquisition and reconstruction times. These frameworks have validated their efficacy by yielding more precise and discriminating diagnoses in the fields of parasitology and haematology. The potential applications of these contributions go far beyond the field of MPF, opening up perspectives in various other fields of computational imaging.